アンプリコンシーケンスデータ解析 (Metagenome＠KIN)
特長
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細菌・アーキア16S rDNAは、RDP (Ribosomal database project) とテクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」の2種類で解析
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微生物同定データベースは、BLASTのcut-off条件を相同率97％からご指定の値に変更可能
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3検体以上の場合は、クラスター分析および主成分分析まで実施
概要
次世代シーケンサー (Next Generation Sequencer：NGS) を用いたアンプリコンシーケンス解析により得られた配列データの帰属分類群を推定するデータ解析です。
受入可能な検体
検体の種類 | 形式 |
次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データ※ | fastq ファイル |
fasta ファイル |
※ 当社仕様で実施していないシーケンスデータの場合は、お問い合わせ下さい。
解析の流れ
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プライマー配列の除去
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ペアエンド配列、アッセンブル
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フィルタリング、キメラチェック
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データベースによる相同性検索
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Metagenome＠KINによるデータ解析
仕様
解析データベース | 推定可能な分類階級 | |
細菌 ・ アーキア | RDP | 界～属 |
テクノスルガ ・ ラボ 「微生物同定データベース」 ※¹、² | 界～種 | |
カビ・酵母 | RDP のみ | 界～種 |
※1 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センターのご支援の下、当社の微生物同定システム「ENKI®」のために構築したオリジナルデータベースを、アンプリコンシーケンス解析用にカスタマイズしています。国際原核生物命名規約に基づく細菌・アーキア基準株由来の16SrDNAに加え、生態学的に重要な難培養微生物の配列も一部収録しています。また、アンプリコンシーケンス解析結果に反映できるよう当社独自に編集した配列名も収録しています。
※2 相同率97％での解析を推奨および標準設定としていますが、変更も可能ですのでお問い合わせ下さい。
納品内容
報告内容※¹ | 形式 | |
シーケンスデータ | プライマー配列の除去、ペアエンド結合、クオリティーの低い配列を除去した後のfasta 形式の配列データです。 | fasta |
ドーナツグラフ | 検体の菌叢を構成する帰属分類群を界 ( 内側) ～種 ( 外側) へ一つの図として表示します。 | html |
バーチャート | 分類階層ごとの帰属分類群の内訳を並べて表示します。 | csv、html |
クラスター分析※² | デンドログラムおよびヒートマップ画像が分類階級ごとに作成されます。 | png |
主成分分析※² | 主成分の二次元プロット画像が分類階級ごとに作成されます。検体間の相違を散布図で示します。 | csv、 png、 html |
アルファ多様性 | 分類階級ごとのアルファ多様性を表で示します。 | tsv |
※1 ご依頼内容や検体数によって納品されないファイルがあります。
※2 群平均法 (UPGMA) およびピアソンの相関係数によるクラスター分析および主成分分析となります。論文投稿を前提とした解像度ではありません。論文投稿を目的とする場合には、別途「アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)」または「統計分析ソフトRによるデータ解析」をご利用下さい。
報告サンプル
ドーナツグラフ
解析例※¹、²
バーチャート
クラスター解析※³
主成分分析※³
検体の菌叢を構成する帰属分類群を界（内側） ～属または種（外側）へ一つの図として表示します。html ファイルなので、グラフにカーソルを合わせ、クリックすることで分類群の名前や分類階級をハイライトすることもできます。群集構造全体の理解を視覚的にサポートします。
全検体の、ある分類階級における帰属分類群の内訳を並べて表示します。検体間の群集構造の違いを俯瞰する際に便利です。
デンドログラムおよび、ヒートマップ画像が分類階級ごとに作成されます。
主成分の二次元プロット画像が分類階級ごとに作成されます。検体間の相違を散布図で示します。
※1 ご依頼内容や検体数によって納品されないファイルがあります。
※2 テクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」による界～種レベルの解析例です。
※3 論文投稿を前提とした解像度ではありません。論文投稿を目的とする場合には、別途「アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)」または「統計分析ソフトRによるデータ解析」をご利用下さい。
価格・納期
試験項目 | 解析データベース | 検体数 | 単位 | 単価 （税抜） | 目安納期 |
アンプリコンシーケンス データ解析 (Metagenome@KIN) | RDP | 1 ～ | 式 | 30,000 円 | 10 営業日 |
テクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」 | 1 ～ | 式 | 30,000 円 | 10 営業日 | |
RDPおよびテクノスルガ ・ ラボ 「微生物同定データベース」 | 1 ～ | 式 | 50,000 円 | 10 営業日 |
ご依頼前の同意事項
・ メディア（DVD-R）による配送納品のみとなります。
・ ご依頼前の同意事項 (共通) を必ずご確認下さい。
・ ご依頼前の解析手法などの選択についてのアドバイスには可能な範囲で対応しますが、最終的な選択はお客様の責任にてご判断下さい。