環境 リアルタイムPCR解析 (定量)
特長
-
当社のオリジナルを含む多数のプライマーセットを保有
-
食品関連や環境関連の微生物を対象
-
微量な検体からでも正確な推定が可能
概要
検体中に含まれる特定の帰属分類群の遺伝子を、リアルタイムPCRシステムにより指数関数的に増幅するDNAの量をリアルタイムにモニタリングします。
全細菌や全アーキアのコピー数と比較することで、検体中の標的菌群の割合を推定可能です。
受入可能な検体
検体区分 | 検体 | 検体の種類 | 対象 |
環境検体 | 食品 | 発酵食品、乳酸菌飲料など | 細菌、アーキア、カビ・酵母のDNA |
活性汚泥 | 発酵槽の汚泥、下水汚泥など | ||
土壌 | 一般土壌、砂、火山灰など | ||
発酵検体 | 堆肥、コンポスト、培養液など | ||
環境水 | 海水、湖沼水など | ||
DNA抽出物 | ー | PCR 増幅が確認されたDNA 抽出物 PCR 増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。 |
必要検体量・送付方法
検体 | 必要量 | 留意点および送付方法 | |||
食品 | 10gまたは100 mL | 食品の保存温度で保存、輸送 | |||
活性汚泥 | 5～10mL | 採取後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 | |||
土壌 | 1～5g | ||||
発酵検体 | 堆肥、コンポストなど | 1～ 5g | |||
培養液など | 5～10mL | ||||
環境水 | 水道水、濁りの少ない河川水など | 100～1000mL | |||
工業廃水、下水など | 50～500 mL | ||||
DNA 抽出物 | 濃度 10ng/μL | 抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 | |||
- 外洋海水、新戒堆積物などの生物量が少ないと考えられる検体についてはお問い合わせ下さい。
作業の流れ
-
DNA抽出
-
DNA精製
-
PCR増幅（インターカレーター法）
-
PCR増幅産物 モニタリング
仕様
リアルタイムPCR装置を用いて、ご指定いただいたプライマーでPCR増幅し、目的とする微生物のDNA量(コピー数)を絶対定量します。
当社保有プライマー
全菌数
アーキア
バイオ浄化
バイオリーチング
窒素循環 (硝化/脱窒)
微生物腐食
食品
その他
対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
全真正細菌 | 16S | 検体中に含まれる全真正細菌 |
全アーキア | 16S | 検体中に含まれる全アーキア |
カビ・酵母 ITS | ITS領域 | 検体中に含まれるカビ・酵母 |
対象菌種 ( 分類群 ) | 遺伝子 | 備考 |
メタン菌 | mcrA | メタン生成菌が有するメタン酵素遺伝子 (mcrA) |
Methanothrix属 | 16S | メタン発酵漕内の優占菌種であるMethanothrix属 |
Methanosarcina属 | 16S | メタン発酵漕内の優占菌種であるMethanosarcina属 |
Methanoculleus属 | 16S | メタン発酵漕内の優占菌種であるMethanoculleus属 |
Methanobacteriaceae 科 | - | ヒト腸内アーキアであるMethanobacteriaceae科（Methanobrevibacter 属およびMethanosphaera属） |
Methanobacteriaceae Detection Kit (Cat. No. RM-0001) 使用 | ||
Methanolobus属 | 16S | メタン菌であるMethanolobus属 |
Methanospirillum属 | - | メタン菌であるMethanospirillum属 |
Methanospirillum Detection Kit (Cat. No. RM-0002) 使用 | ||
Methanomethylovorans属 | - | メタン菌であるMethanomethylovorans属 |
Methanomethylovorans Detection Kit (Cat. No. RM-0003) 使用 |
対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
Dehalobacter属 | 16S | 検体中に含まれるDehalobacter属 |
Dehalococcoides属 | 16S | 検体中に含まれるDehalococcoides属 |
Dehalococcoides属 | bvcA | DCEs あるいは VC からエチレンへの分解酵素遺伝子であるbvcA遺伝子 |
Dehalococcoides属 | vcrA | DCEs あるいは VC からエチレンへの分解酵素遺伝子であるvcrA遺伝子 |
Dehalococcoides属 | tceA | TCE から塩化ビニル VC への分解酵素遺伝子であるtceA遺伝子 |
対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
Acidithiobacillus thiooxidans | 16S | 硫黄酸化に関係する A. thiooxidans |
Sulfobacillus属 | 16S | バイオリーチングで使用されるSulfobacillus属 |
対象菌種 ( 分類群 ) | 遺伝子 | 備考 |
アンモニア酸化細菌 | amoA | アンモニア酸化細菌が有するアンモニア酸化酵素遺伝子 (amoA) |
アンモニア酸化アーキア | arch-amoA | アンモニア酸化アーキアが有するアンモニア酸化酵素遺伝子 (arch-amoA) |
Anammox 細菌 | hzo | 汚水処理の分野で注目されている嫌気的アンモニア酸化 (Anammox) 反応を担うAnammox細菌 |
亜硝酸還元菌 | nirS | 亜硝酸還元菌が有する亜硝酸還元酵素遺伝子 (nirS) |
亜硝酸還元菌 | nirK | 亜硝酸還元菌が有する亜硝酸還元酵素遺伝子 (nirK) |
窒素固定細菌 | nifH | 窒素固定細菌が有する窒素固定に関連するニトロゲナーゼ遺伝子 (nifH) |
亜酸化窒素還元菌 | nosZ | 亜酸化窒素還元菌が有する亜酸化窒素還元酵素遺伝子 (nosZ) |
亜硝酸酸化細菌 (Nitrobacter属) | 16S | 亜硝酸酸化細菌であるNitrobacter属 |
亜硝酸酸化細菌 (Nitrobacter属) | norB | 亜硝酸酸化細菌であるNitrobacter属が有する亜硝酸酸化還元酵素遺伝子 (norB) |
亜硝酸酸化細菌 (Nitrospira属) | 16S | 亜硝酸酸化細菌であるNitrospira属 |
Comammox Nitrospira clade A | amoA | 完全アンモニア酸化と考えられていNitrospira菌 |
Comammox Nitrospira clade B | amoA | 完全アンモニア酸化と考えられているNitrospira菌 |
Pseudomonas aeruginosa | gyrB | 窒素循環において重要な役割を担うP. aeruginosa |
対象菌種 ( 分類群 ) | 遺伝子 | 備考 |
硫酸還元菌 | dsrB | 金属の微生物腐食に関与する硫酸塩還元菌が有する硫酸塩還元酵素遺伝子 (dsrB) |
鉄細菌 (Leptothrix属およびSphaerotilus属) | - | 金属の微生物腐食に関与する鉄細菌である Leptothrix属およびSphaerotilus属 |
Leptothrix/Sphaerotilus Detection Kit (Cat. No. RE-0002) 使用 | ||
鉄細菌 (Gallionella属およびSideroxydans属) | - | 金属の微生物腐食に関与する鉄細菌である Gallionella属およびSideroxydans属 |
Gallionella/Sideroxydans Detection Kit (Cat. No. RE-0003) 使用 | ||
鉄細菌 (Prolixibacter属) | - | 金属の微生物腐食に関与する鉄細菌であるProlixibacter属 |
Prolixbacter Detection Kit (Cat. No. RE-0006) 使用 | ||
鉄酸化細菌 (Leptospirillum属) | gyrB | 金属の微生物腐食に関与する鉄酸化細菌であるLeptospirillum属 |
硫黄酸化細菌 | soxB | 金属の微生物腐食に関与する硫黄酸化細菌が有する硫黄酸化酵素遺伝子 (soxB) |
硫黄酸化細菌 (Acidithiobacillus属) | 16S | soxB遺伝子を有しない硫黄酸化細菌であるAcidithiobacillus属 |
メタン菌 | mcrA | 金属の微生物腐食に関与するメタン生成菌が有するメタン酵素遺伝子 (mcrA) |
対象菌種 ( 分類群 ) | 遺伝子 | 備考 |
Alicyclobacillus属 | - | 耐熱性好酸性菌であるAlicyclobacillus属 |
Alicyclobacillus Detection Kit (Cat. No. RF-0002) 使用 | ||
Bacillus subtilis | - | 食品中あるいは環境中のB. subtilis |
Bacillus subtilis Detection Kit (Cat. No. RF-0009) 使用 | ||
Bifidobacterium animalis subsp. lactis | 16S-23S | 食品中あるいは環境中のB. animalis subsp. lactis |
Bifidobacterium longum | 16S | 食品中あるいは環境中のB. longum |
Enterococcus faecalis | - | 食品中あるいは環境中のE. faecalis |
Enterococcus faecalis Detection Kit (Cat. No. RF-0003) 使用 | ||
Lacticaseibacillus rhamnosus (Lactobacillus rhamnosus ) | 16S | 食品中あるいは環境中のL . rhamnosus |
Lactiplantibacillus paraplantarum (Lactobacillus paraplantarum ) | - | 食品中のL . paraplantarum |
Lactiplantibacillus paraplantarum Detection Kit (Cat. No. RF-0008) 使用 | ||
Lactiplantibacillus plantarum (Lactobacillus plantarum ) | recA | 食品中あるいは環境中のL . plantarum |
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus | - | 食品中のL . delbrueckii subsp. bulgaricus |
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus Detection Kit (Cat. No. RF-0005) 使用 | ||
Lactobacillus helveticus | - | 食品中のL . helveticus |
Lactobacillus helveticus Detection Kit (Cat. No. RF-0007) 使用 | ||
Lactococcus lactis | - | 食品中あるいは環境中のL . lactis |
Lactococcus lactis Detection Kit (Cat. No. RF-0010) 使用 | ||
Lactococcus cremoris | - | 食品中あるいは環境中のL . cremoris |
Lactococcus cremoris Detection Kit (Cat. No. RF-0011) 使用 | ||
Leuconostoc mesenteroides | - | 食品中あるいは環境中のL. mesenteroides |
Leuconostoc mesenteroides Detection Kit (Cat. No. RF-0012) 使用 | ||
Levilactobacillus brevis (Lactobacillus brevis ) | - | 食品中のL . brevis |
Levilactobacillus brevis Detection Kit (Cat. No. RF-0006) 使用 | ||
Listeria属 | prsA | 食品中あるいは環境中のListeria属 |
Listeria monocytogenes | hlyA | 食品中あるいは環境中のL. monocytogenes |
Pediococcus pentosaceus | recA | 食品中あるいは環境中のP. pentosaceus |
Saccharomyces cerevisiae | nmd3 | 食品中あるいは環境中のS. cerevisiae |
Streptococcus thermophilus | - | 食品中のS. thermophilus |
Streptococcus thermophilus Detection Kit (Cat. No. RF-0004) 使用 | ||
Tetragenococcus halophilus | 16S | 食品中あるいは環境中のT. halophilus |
Weizmannia coagulans ( Bacillus coagulans ) | 16S | 食品中あるいは環境中のW. coagulans |
芽胞菌 | spo0A | 食品中あるいは環境中の芽胞菌 (Bacillus属 /Geobacillus属 /Anoxybacillus属 etc) |
酢酸菌 | - | 酢酸菌であるAcetobacter /Acidomonas /Gluconacetobacter/ Gluconobacter /Kozakia/Tanticharoenia 属 |
Acetic acid bacteria Detection Kit (Cat. No. RF-0001) 使用 |
対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
メタン酸化細菌 | pmoA | メタン酸化細菌が有するメタンモノオキシゲナーゼ遺伝子 (pmoA) |
水素産生菌 | hydA | 検体中に含まれる水素産生菌 |
Candidate Division TM7 | 16S | 活性汚泥、 環境水などに存在するCandidate Division TM7 |
Thiothrix属 | - | 活性汚泥中の糸状性細菌であるThiothrix属 |
Thiothrix Detection Kit (Cat. No. RE-0004) 使用 | ||
Alphaproteobacteria綱 | 16S | 検体中に含まれるAlphaproteobacteria綱 |
価格・納期
試験項目 | 内容（解析例） | 単位 | 単価（税抜） | 目安納期 | |
リアルタイム PCR 解析 ( 定量 ) | 検体数 1 | 1 プライマーの場合 | 検体 | 43,000 円 | 15 営業日～ |
検体数 2 | 2 プライマーの場合 | 42,000 円 | |||
検体数 5 | 2 プライマーの場合 | 28,000 円 | |||
検体数 10 | 2 プライマーの場合 | 24,000 円 | |||
＜オプション＞ プライマー設計 | - | 式 | 40,000 円 | ＋ 10 営業日 | |
＜オプション＞ スタンダード作製 | - | 式 | 99,000 円 | お問い合わせ下さい | |
参考文献
-
(1)
Nakayama J, Tanaka S, Songjinda P, Tateyama A, Tsubouchi M et al. Analysis of infant intestinal microbiota by various kinds of molecular approaches -Toward large scale epidemiological investigations correlating allergy development with intestinal microbiota-. J Intestinal Microbiol 2007;21:129–142.
-
(2)
Farrelly V, Rainey FA, Stackebrandt E. Effect of genome size and rrn gene copy number on PCR amplification of 16SrRNA genes from a mixture of bacterial species. Appl Environ Microbiol 1995;61:2798–2801.
-
(3)
Fogel G, Collins C, Li J, Brunk C. Prokaryotic genome size and SSU rDNA copy number: estimation of microbial relative abundance from a mixed population. Microb Ecol 1999;38:93–113.
ご依頼前の同意事項
・ 新たにプライマーを合成する場合、合成費用や菌株購入費用、スタンダード作製費用が必要となります。
・ リアルタイムPCR解析の16S rRNA遺伝子は、細菌種により保有している標的遺伝子の量 (コピー数) が異なるため、16S rDNA のコピー数が実際の細菌
数と等しいわけではない点を考慮すべきであると考えられています。（上記「参考文献(1)(2)(3)」をご参照ください。）
・ ご依頼前の同意事項 (共通) を必ずご確認下さい。