生体 アンプリコンシーケンス解析 (JMBC 推奨プロトコル)
特長
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JMBC (日本マイクロバイオームコンソーシアム)推奨プロトコルに基づき、糞便中の細菌叢を解析
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DNA抽出からデータ解析までを一式としたセット価格で提供 (1検体から申し込み可能)
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DNA抽出からデータ解析まで全て当社内で作業
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解析ソフトウェアは2種類から選択可能
- セット1：Metagenome@KIN (データベース『RDP』あるいは『テクノスルガ・ラボ 微生物同定データベース』)
- セット2：QIIME2 (データベース『Greengenes』あるいは『SILVA』)
概要
受入可能な検体
検体区分（種類） | 由来 | 検体の種類※ | 対象 |
A区分：糞便検体 | ヒト | 糞便 | 細菌のDNA |
DNA抽出物 | ー | PCR増幅が確認されたJMBC推奨プロトコルに従い抽出されたDNA抽出物 PCR 増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。 |
※ 血液、臓器、細胞組織およびそれらが付着した検体の受け入れはできません。
※ ヒト以外の糞便検体でのDNA抽出はご相談下さい。
必要検体量・送付方法
検体の種類 | 必要量 | 留意点および送付方法 | ||
A区分 | 糞便 | 糞便採取容器 (保存液なし) | 0.2 ～ 0.5 g | 採取後速やかに冷凍保存、冷凍輸送 |
糞便採取容器 (保存液あり) | 採取後速やかに冷蔵保存 | |||
DNA抽出物 | 濃度 5 ng/µL | 抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 PCR 増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。 | ||
※保存液は捨てずに検体を採取し、採取後も採取容器は冷凍せず、保存液の中に検体が入った状態でご送付下さい。保管温度帯は腸内環境用糞便採取キット・採取容器のページをご参照下さい。
解析の流れ
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DNA抽出/精製
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PCR増幅/精製
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PCR産物の定量
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シーケンス配列決定※
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ペアエンド配列アッセンブル
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フィルタリング、キメラチェック
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データ解析
※ JMBC 推奨プロトコルはシーケンスによる配列決定までとなります。
仕様・納品内容
対象微生物 | 細菌 | |
解析対象 | DNA | |
遺伝子領域 | 16S rDNA V3 ～ V4 領域 | |
リード数※¹ | 1 万リード以上 / 検体 | |
解析機種 | MiSeq® ( Illumina ) | |
データ解析※² | セット1 ： Metagenome@KIN | RDP ※³ およびテクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」 |
セット2 ： QIIME2 ※⁴、⁵ | Greengenes database ※³ | |
SILVA database ※³ | ||
※1 クオリティーフィルタリング、キメラチェック後のリード数です。
※2 データ解析は、セット1またはセット2のどちらかをご選択下さい。
※3 RDP (Ribosomal Database Project)、Greengenes databaseおよびSILVA databaseは公共の解析データベースです。
※4 セット2 (QIIME2) は一次解析までの報告です。二次解析 (多様性解析、統計解析) は、別途追加解析のご指示を下さい。
※5 GreengenesまたはSILVAのどちらかをご選択下さい。データベースの違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。
納品内容
報告内容 | 形式 |
次世代シーケンサー ( NGS ) によるシーケンス生データ | fastq ファイル |
次世代シーケンサー ( NGS ) によるシーケンスデータ( クオリティーフィルタリング、 キメラチェック後 ) | fasta ファイル |
データ解析結果※ | csv ファイル、 html ファイル |
※ 詳細は「アンプリコンシーケンスデータ解析 (Metagenome@KIN)」をご参照下さい。
※ ご依頼内容や検体数によって納品されないファイルがあります。
報告サンプル (セット1：Metagenome@KIN)
| ドーナツグラフ |  |
検体の菌叢を構成する帰属分類群を界 （内側） ～属または種 （外側）へ一つの図として表示します。htmlファイルなので、グラフにカーソルを合わせ、クリックすることで分類群の名前や分類階級をハイライトすることもできます。 群集構造全体の理解を視覚的にサポートします。 |
| 解析例 |  |
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| 検体間比較グラフ |  |
全検体の、 ある分類階級における帰属分類群の内訳を並べて表示します。 検体間の群集構造の違いを俯瞰する際に便利です。デンドログラムおよび、 ヒートマップ画像が分類階級ごとに作成されます。 論文投稿を前提とした解像度ではありません。論文投稿を目的とする場合には、別途「アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)」または「統計分析ソフトRによるデータ解析」をご利用下さい。 |
| クラスター解析 |  |
デンドログラムおよび、 ヒートマップ画像が分類階級ごとに作成されます。 論文投稿を前提とした解像度ではありません。論文投稿を目的とする場合には、別途「アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)」または「統計分析ソフトRによるデータ解析」をご利用下さい。 |
| 主成分分析 |  |
主成分の二次元プロット画像が分類階級ごとに作成されます。検体間の相違を散布図で示します。 論文投稿を前提とした解像度ではありません。論文投稿を目的とする場合には、別途「アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)」または「統計分析ソフトRによるデータ解析」をご利用下さい。 |
報告内容 | 形式 | |
次世代シーケンサー ( NGS ) によるシーケンス生データ | fastq ファイル | |
QIIME2 出力データファイルデータ解析 ( 一次解析 ) 結果※ | 代表配列とリード数の一覧 | qzv ファイル |
相同性検索結果 | ||
※ 多様性解析や統計解析（二次解析）は含みません。詳細は「アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)」をご参照下さい。
※ ご依頼内容や検体数によって納品されないファイルがあります。
報告サンプル (セット2：QIIME2)
価格・納期
セット1：Metagenome@KIN、セット2：QIIME2共通
試験項目 | 検体数 | 単位 | 単価 （税抜） | 目安納期 (DNA解析) |
アンプリコンシーケンス解析 (JMBC推奨プロトコル ) | 1 ～ 24 | 検体 | 44,000円 | 25 営業日～ |
25 ～ 48 | 37,000円 | |||
49 ～ 72 | 32,000円 | |||
73 ～ 96 | 29,000円 | |||
97 ～ | 26,000円 | |||
1 | 検体 | 25,000円 | 長納期 40 営業日～ |
- セット2をご選択いただいた場合、多様性解析や統計解析(二次解析)が可能です。費用は一式 ＋30,000円 (税抜) 納期は＋5営業日となります。
参考文献
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(1)
Tourlousse DM, Narita K, Miura T, Sakamoto M, Ohashi A et al . Validation and standardization of DNA extraction and library construction methods for metagenomics-based human fecal microbiome measurements. Microbiome 2021;9:95.
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(2) JMBC 糞便メタゲノム解析推奨プロトコル ver2.1. http://www.jmbc.life/news/images/SOPv1.2.pdf
ご依頼前の同意事項
・ メディア（DVD-R）による配送納品のみとなります。
・ ご依頼前の同意事項（共通）を必ずご確認下さい。
・ お預かりした検体を返送する場合、当社は試験前の検体と同等の状態を保証するものではありません。
・ ご依頼前の解析手法などの選択についてのご相談には可能な範囲で対応しますが、最終的なご判断はお客様の責任にてお願いいたします。
・ 哺乳類・鳥類などの野生動物 (野良も含む) 由来の検体は、送付前にお客様の元で加熱処理（85℃ 15分以上）をお願いします。