アンプリコンシーケンス解析用データベースの更新（V16.0→V17.0）
解析用データベースが新しくなりました
アンプリコンシーケンス解析で使用する当社オリジナルデータベースが「NGS-DB-BA16.0」(Ver.16)から最新版「NGS-DB-BA17.0」(Ver.17) へバージョンアップし、2023年1月より順次新しいデータベースを使用して解析結果を報告いたします。
Not Determinedの減少および最新の分類体系を反映
Bacillus subtilis groupやB. cereus groupなど16S rDNA配列のみで分類できない近縁種は、これまでNot determined (1種に推定できない) と出力されていました。Ver.16以降、このような145配列235種を併記またはグループ名 (例：Bacillus subtilis /tequilensis, Bacillus cereus group) で表示することでNot determinedを大幅に減らしており、より精確に群集構造を捉えられるようになっています。
例えば、2020年に報告された口腔内細菌のVeillonella nakazawaeをVeillonella dispar/nakazawaeと並列表記したものを始め、2020年に乳酸菌として知られるLactobacillus plantarumが再編成されLactiplantibacillus plantarumと変更されました。そのためLactiplantibacillus plantarum/ pentosus/ paraplantarum/ fabifermentans/ pingfangensisと並列表記しております。
データベースについて
新しい解析データベース「NGS-DB-BA17.0」は、当社微生物同定システム「ENKI®」のDB-BA17.0 (収録数: 3357属、17138種、439亜種) をアンプリコンシーケンス解析用にカスタマイズしたデータベースです。
NGS-DB-BA17.0に収録された細菌・アーキア基準株の16S rDNA塩基配列は、2022年6月までに記載・再分類された分類体系に基づいています。Ver.16から引き続き、一部の帰属分類群におきまして種名の併記またはグループ名(Escherichia coli/Shigella, Bacillus cereus groupなど) で表示しています。
今後のデータ解析について
最新の分類体系によるアンプリコンシーケンス解析をぜひご利用ください。すでに「NGS-DB-BA 16.0」で解析済みのデータを「NGS-DB-BA 17.0」で改めて解析することも可能です (再解析費用が発生します) 。「DB-BA16.0」でのデータ解析も引き続き、ご指定いただくことで承ります。なお、「DB-BA13.0」での解析はサポート対象外となります。詳しくはお問い合わせください。
試験に関するお問い合わせ
株式会社テクノスルガ・ラボ 営業部
E-mail：tsl-contact@tecsrg.co.jp
電話番号：054-349-6211